由會員依章程條文載會員級數推派代表，並經由各地區選出出席會員代表大會之代表，組成會員代表大會，為本會最高權力機構。

會員大會代表投票選舉理事27人組成理事會，投票選舉監事9人組成監事會。常務理、監事會係由理監事分別票選常務理事9人、常務監事3人組成之。常務監事並互推一人為監事會召集人。

理事長係由理事就常務理事中選任之。負責綜理會務，對外代表本會。

本會目前共設有工具機、塑橡膠機械、紡織機械、機械零組件等30個專業委員會，各委員會置會長1人負責召集議，副會長1-6人，會長由理事長推薦，副會長由會長遴選，均由理事長聘任之。

專業委員會之主要宗旨係為增加同業共同利益及具研究發展，其主要任務為向政府申請專案計劃協助同業提昇品質，從事研發等工作，各相關機械業與製品外銷之擴展與產銷秩序之建立，透過公會與外貿協會合辦專業性展會、組團赴國外參展、爭取金融單位低利融資與輸出保險、參觀工廠、技術觀摩、參觀展會、舉辦交流懇談會、發行專刊等活動。

本會設秘書長承理事長之命，辦理會務，副秘書長襄辦會務，為有效執行任務，其下設總務組、業務組、展覽組、財務組、會務開發組、政策服務組，並在台北（含基隆）、新竹、台中、彰化、嘉義、台南、高雄各主要地區共設7個地區服務處。上海聯絡處/東京服務中心/大阪聯絡處3個海外服務中心。